如何安装BIKA LIMS Inkosi在Ubuntu服务器上15分钟

如何在Ubuntu服务器上安装BIKA LIMS Inkosi 15分钟

本文介绍如何在Ubuntu服务器之上构建独立的BIKA LIMS解决方案。 一旦您下载并安装了基本的Ubuntu,整个剪切和粘贴过程大约需要15分钟。

由于BIKA将不会在新版本的Plone上工作。 (问他们 - 不是我!)该方法描述如何获取所需的所有软件的旧版本,以及如何安装它们。 设置Zope / Plone实例的大部分内容是从Kees Hink的脚本文件中获取的,我已经修改了这个文件,以便BIKA处理它和最新的文件位置。

首先从Ubuntu存储库下载并安装Ubuntu Hardy Heron 8.04。 这是获取旧版本软件的基础。 由于Ubuntu软件似乎与发行版相关联,因此我们希望确保版本兼容性。 你可以从中获得:

http://releases.ubuntu.com/releases/8.04/

我们将在适当的时候使用LIMSERVER作为计算机的名称,USERNAME和PASSWORD。 请使用您自己的那个作为nessasary。 请求时使用空格键选择openssh和LAMP服务器。 确保LIMSERVER可以访问WWW。 并没有被你的防火墙或愚蠢的东西锁定。

一旦Ubuntu安装并且您已经登录,您可以通过键入来确定您的网络DHCP服务器发送到您的LIMSERVER的本地IP地址

ifconfig

LIMSERVER本地ip是第一个inet之后的数字。

例如inet addr:192.168.2.8表示本地IP地址为192.168.2.8

(注意:它不是127.0.0.1,这是你的回送地址。)

现在转到网络上的另一台计算机,您将执行剩余的安装。

下载安装并运行您最喜欢的tty客户端在您的网络上的其他计算机上,您将用于与您的LIMS服务器通信。 我喜欢PuTTY:

http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html

打开一个ssh会话(端口22)到您的LIMSSERVER的本地IP地址并登录。

您现在距离BIKA LIMS的工作安装十五分钟。 您可以复制(使用ctrl-c )命令行,并使用shift-ins或右键单击将其粘贴到SSH会话中。 如果多个行显示在一个框中,您可以选择它们,并将它们全部复制并粘贴。

设置下载和安装所需软件的目录:

DOWNLOAD_DIR=~/temp
BUILDS_DIR=~/builddirs
MY_PRODUCTS_DIR=~/products

设置Zope目录:

ZOPE_TARBALLDIR=http://www.zope.org/Products/Zope/2.9.9
ZOPE_TARBALL=Zope-2.9.9-final.tgz
ZOPE_WGET_ADDRESS=$ZOPE_TARBALLDIR/$ZOPE_TARBALL
ZOPE_BUILDDIR=$BUILDS_DIR/Zope-2.9.9-final

设置Plone目录

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9
# Plone software
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL
# What do you want your Zope instance to be called?
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

设置bika目录:

ROOT_LOGIN='admin'
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip
BIKAFONTS_DIR=linfonts
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

请注意,您将来可能需要重新安置这些文件的在线站点,但是必须先获得相同的版本,直到更新版本冲突的错误得到解决。

安装编译器:

sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++

创建下载目录:

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

安装旧版本的python:

sudo apt-get install python2.4
sudo apt-get install python2.4-dev
sudo apt-get install python2.4-elementtree

从互联网上获取Zope并安装它:

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR
sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR
cd $ZOPE_BUILDDIR
./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

有关在上述行中使用“./”的说明,请参阅:

http://www.linfo.org/dot_slash.html

编译Zope:

sudo apt-get install make
make
make install

准备zope实例:

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

下载并安装Plone:

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR
sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

创建单个plone实例(如果您创建了多个实例,则需要稍后调整start-id-server)。

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;   
do echo $i; 
 ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;  
done

每行都在单行上读取(共4行)。

由于这个版本的plone没有我们需要的所有部件,我们需要在顶部安装另一个plone:

sudo apt-get install plone-site

在这一点上,我们在Zope实例中安装了一个工作的Plone站点。 我们以旧版本这样做的唯一原因是因为BIKA不适用于每个版本的新版本。 当这些错误全部消除后,我建议您使用更现代的方法让Plone运行。 然后从这一点继续下去。

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