如何设立研发在Ubuntu 14.04

介绍

- [R是一个流行的开源编程语言,专门在统计计算和图形。 它被统计学家广泛用于开发统计软件和执行数据分析。 R的一个优点是,它是高度和容易扩展允许用户编写和提交自己的包。 已知R社区非常活跃并且被注意用于连续地添加用于特定研究领域的用户生成的统计包,这使得R适用于许多研究领域。

“综合R归档网”( CRAN )是携带相同的材料,由许多R封装将R发行自己的网站(称为镜像 )的集合。 您可以从任何的下载R和许多R封装CRAN的镜子 ,但我们将使用RStudio镜子。

在本指南中,我们将学习如何在运行Ubuntu 14.04的DigitalOcean Droplet上设置R。 如果您的Droplet正在运行不同的操作系统,大多数说明仍然适用,但您可能需要修改一些命令。 按照本指南完成需要大约10-15分钟。

先决条件

对于本教程,您将需要:

  • 具有至少1 GB RAM的Ubuntu 14.04 Droplet。 本教程中的所有命令都应以非root用户身份运行。 如果需要该命令的root访问权限,它会在前面加sudo与Ubuntu 14.04初始服务器设置介绍了如何添加用户,并给他们sudo访问。

第1步 - 设置APT

要安装R,我们将使用APT(高级包装工具)工具。 它使用一个特殊的文件,列出应该从哪里下载软件包的来源。 该文件/etc/apt/sources.list 为了获得最新的R版本,我们需要通过添加一行到源文件,以正确的存储库添加到源列表。 您需要添加的确切行将取决于具体的Ubuntu版本。 为Ubuntu 14.04,运行以下命令来添加正确的存储库/etc/apt/sources.list

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

如果您运行的是Ubuntu的不同版本,请查阅该文件的正确库的补充。

要验证使用APT下载的软件包,我们必须添加一个公钥。 使用ID为E084DAB9的密钥签署CRAN上的Ubuntu存档。 将此密钥添加到系统。

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

接下来,我们需要的键添加到apt

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

第2步 - 安装R

现在APT已经正确设置,我们准备使用它来安装R.

首先,我们需要更新可用软件包列表,因为我们更新了源列表。

sudo apt-get update

现在我们可以安装R.我们使用-y标志自动应答当被问及如果我们确信我们要下载的软件包。

sudo apt-get -y install r-base

此时,您应该在Droplet上安装最新的R版本。 您可以通过运行测试这个R命令。

R

您应该看到类似以下的输出。

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

你现在在R交互式shell中,可以运行任意R命令。

退出R,并返回到你的Droplet与q()函数:

q(save = "no")

第3步 - 从CRAN安装R程序包

现在R已安装在您的Droplet上,Droplet上的任何用户都可以使用R.当安装R时,它会自动安装一些默认软件包,但为了做任何真正有意义的R,你可能需要安装额外的软件包。 重要的是至少有1 GB的RAM可用,以安装许多软件包。

如前所述,CRAN不仅包含R本身,而且还包含许多R包。 要安装都在CRAN托管新的R包,或更新现有的,可以使用install.packages()函数在R如果你想安装包somepackage,你会打开R和运行以下R指令。

# This is an example, do not run this
install.packages("somepackage")

但是,由R中的特定用户安装的任何软件包将仅在默认情况下对该用户可用。 例如,如果用户安装sammy somepackage,那么用户杰西将无法直到他们安装以及使用somepackage。

这是可能的方式,使得它通过安装作为可在Droplet所有用户安装的R软件包。 作为一个例子,让我们安装了shiny包,这是用来建立从研发代码的Web应用程序非常流行的包。 安装该软件包以root身份将很以root身份登录,运行R,并运行一个方法install.packages()命令。 然而,我们建议不要以root身份登录,所以不是我们就可以运行R命令为 我们还将指定repos参数,以便包从CRAN RStudio资源库,下载- [R本身,当我们使用的相同下载。

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

通过安装一个软件包这种方式,而不是打开R和运行install.packages()命令时, shiny包提供给在Droplet上的所有用户。

让我们来验证shiny是由试图加载它正确安装。 启动R会话。

R

在R,尝试加载了shiny包。

library(shiny)

运行上一个命令将导致没有错误。 现在退出R.

q(save = "no")

第4步-安装devtools

虽然许多R封装托管在CRAN,并且可以使用内置的安装install.packages()函数,还有许多托管在多个包GitHub上 ,但不是在CRAN。 为了从GitHub安装的R程序包,我们需要使用devtools - [R包,让我们安装它。

devtools - [R包需要要在Droplet,即安装了三个系统软件包libcurl4-gnutls-devlibxml2-dev ,和libssl-devc 安装这三个软件包:

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

现在devtools ř软件包可以安装。 请记住,我们希望与上述使用相同的方法来安装它,而不是R对话中安装它,因为devtools应提供给所有用户。

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

上面的命令来安装devtools可能需要几分钟才能完成。

第5步 - 从GitHub安装R软件包

现在我们已经devtools安装,我们可以安装任一R封装,使用GitHub上install_github()函数。 与CRAN包一样,在安装GitHub包时,您需要从系统shell运行命令,使包对所有用户可用。 让我们尝试安装shinyjs GitHub的包,将功能添加到了shiny包。 一个GitHub的包是由它的作者(定义daattali ),它的名字( shinyjs )。

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

让我们来验证shinyjs被试图加载它正确安装。 启动R会话。

R

在R,尝试加载shinyjs包。

library(shinyjs)

运行上一个命令可能会导致一些消息,但没有错误消息。 现在退出R.

q(save = "no")

下一步

你现在有一个工作的R安装在你的Droplet。

要了解更多关于R,请访问官方R网站 ,或者尝试学习ř动手和互动swirl

有关CRAN,它提供什么样的更多信息,请访问官方网站CRAN

为了更好的体验你的Droplet写R代码里面,你可能想使用安装一个RStudio服务器本教程

如果你想举办您的任何Shiny的代码在你的Droplet,则可能需要使用安装Shiny服务器本教程

结论

在本指南中,我们完成了在Ubuntu 14.04 Droplet上设置R所需的步骤。 我们还了解了从GitHub与CRAN安装R软件包之间的区别,以及如何确保这些软件包可供Droplet上的所有用户使用。

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